본 발명은 미생물 검출 시스템에 관한 것으로, 더욱 상세하게는 유전영동 힘을 이용한 미생물 검출 시스템에 관한 것이다. 본 발명의 일 실시예에 의하면, 미생물 입자와 결합된 라텍스 입자에 대응하는 유전영동 힘을 이용하여 미생물 입자를 검출함으로써, 배양 과정이 요구되지 않아 검출 시간이 빠르며, 농축을 통해 미생물 샘플의 농도를 증가시킴으로써 정확한 측정이 가능할 수 있다. 또한 본 발명은 미생물 검출소자를 구동하기 위하여 필요한 시스템과 관련된 기술로 샘플의 농축, 분리를 포함하는 전처리 소자를 이용함으로써 신속하고 정확한 다종 미생물 검출이 가능하다는 특징이 있다.