본 발명은 사슬알균의 동정방법에 관한 것으로, 활성산소제거 단백질의 아미노산 서열을 이용하여 사슬알균 사이의 전체 평균 최소진화거리가 길어 기존의 16S rRNA 유전자를 이용한 분류보다 유연한 분지 길이의 분포가 가능하므로, 사슬알균의 종 및 아종을 더 명확하게 분류할 수 있다.