본 발명은 다중 미생물 검출 시스템에 관한 것으로, 더욱 상세하게는 유전영동 힘을 이용한 다중 미생물 검출 시스템에 관한 것이다. 본 발명은 신속하고 정확한 다중 미생물 검출 장치에 대한 것으로, 미생물과 형광자성입자를 합성 후 자기영동을 이용하여 높은 처리량으로 미생물을 농축하고, 유전영동 힘을 이용하여 자성입자와 복합체(자성입자가 결합된 미생물)를 분리한 후 미생물 복합체만 검출부로 이동시켜 형광자성입자가 결합된 미생물 복합체가 상기 검출부를 지날 때 형광자성입자 종류에 따라 특정 파장대의 형광신호가 발생하며 이를 측정 및 분석함으로써 미생물 종류에 따른 농도를 측정할 수 있다.