본 발명은 원격탐사 초분광 영상이미지를 이용하여 1차 수질지표를 산출하고, 이 1차 수질지표와 실측한 병원성 미생물의 농도 데이터를 이용하여 수질 데이터베이스를 구축한 다음, 이 수질 데이터베이스를 이용하여 실측하지 않은 수계의 병원성 미생물 농도를 예측할 수 있도록 해주는 방법을 제공하는데 주된 목적이 있다. 상기한 목적을 달성하기 위한 본 발명의 원격탐사 초분광 영상이미지를 이용한 병원성 미생물의 농도 예측방법은, 원격 촬영을 통해 대상이 되는 수계(水系)의 초분광 영상이미지를 획득하는 단계; 상기 획득한 초분광 영상이미지를 사용하여 회귀분석 모델을 통해 계산이 가능한 하나 이상의 수질 항목으로 구성된 1차 수질 지표를 산출하는 단계; 상기 산출된 1차 수질 지표와 상기 대상 수계에서 실측한 병원성 미생물의 농도 데이터를 하나의 집합으로 하여 수질 데이터베이스를 구축하는 단계; 및 상기 대상 수계에서 원격 촬영한 새로운 초분광 영상이미지로부터 산출한 1차 수질 지표와 상기 수질 데이터베이스를 통해 훈련된 기계학습 모델을 사용해 실측하지 않은 병원성 미생물의 농도를 예측하는 단계;를 포함한다.