본 발명은 바실러스 서브틸리스 균주를 이용한 작두콩 발효 음료 제조방법에 관한 것으로, 1) 작두콩 및 기타 곡물을 포함하는 원료 혼합물을 세척하는 단계; 2) 상기 원료 혼합물을 증자하는 단계;및 3) 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis) 균주를 접종 및 발효시키는 단계를 포함하는 작두콩 발효음료를 제조하는 방법에 관한 것이다. 작두콩은 식이섬유의 단단한 조직감 때문에 쉽게 섭취하기 어렵지만, 본 발명의 발효 음료 제조방법에 의해 제조된 작두콩 발효 음료는 맛과 향미가 부드럽고 일반인이 용이하게 섭취할 수 있는 장점이 있다.