본 발명의 일 실시예에 의한 종합 수질 평가지수 산정방법은 평가 대상의 수질 측정 데이터를 활용하여 수질항목에 대한 표준 데이터 베이스를 구축하는 과정, 상기 수질 측정 데이터를 데이터 마이닝 기법에 의해 분류하여 그룹화하는 과정, 상기 데이터 그룹에 대하여 수질 오염 등급을 부여하는 과정 및 신규 데이터가 상기 부여된 수질 오염 등급에 속하는 그룹에 따라 종합 수질 평가 지수를 산출하는 과정을 포함한다.