본 발명은 미세조류의 배양액을 유효성분으로 함유하는 해파리 퇴치용 조성물에 관한 것으로, 구체적으로 해파리로 아우렐리아 아우리타(Aurelia aurita)의 에피라유생에 침편모조류(raphidophyte)인 헤테로시그마 아카시오(Heterosigma akashiwo) 및 샤토넬라 마리나 var. 오바타(Chattonella marina var. ovata)를 노출시킨 경우 에피라유생의 맥동 빈도 감소 및 형태학적 손상에 의한 사멸 효과를 확인하였다. 또한, 이들의 배양물을 여과하여 미세조류를 제거한 배양액에서도 동일한 효과가 나타남을 확인하였다. 이에, 상기 미세조류를 제거한 미세조류의 배양액은 해파리 퇴치용 조성물의 유효성분으로 유용하게 이용될 수 있다.