본 발명의 실시예에 따른 강하형 미생물 연료전지 시스템은 기질 유입구를 형성한 제1 중공부를 구비하는 수나사부를 포함하는 반응조, 제1 중공부에 대응되며 기질 유출구를 형성하는 제2 중공부가 배치된 반응기 홀더, 수나사부의 제1 중공부와 상기 반응기 홀더의 제2 중공부를 결합시켜 기질 유입구 및 기질 유출구를 연결시키는 반응 영역 및 기질 유출구 하부에 배치되는 수집조를 포함하되, 기질 유출구와 수집조 사이에는 에어 갭을 배치되며, 반응 영역에는 대향 배치되는 제1 전극 및 제2 전극 및 상기 제1 전극과 제2 전극 사이에 배치되는 세라믹 분리막이 배치되고, 반응조, 반응기 홀더, 에어 갭 및 수집조는 수직 배열된다.