본 발명은 딥 러닝을 이용한 약물-표적 단백질 상호작용 예측에 관한 것으로 본 발명에 따른 약물-표적 상호작용 예측 장치 및 방법은 약물과 단백질 사이의 상호작용 여부 뿐 아니라 약물과 단백질의 바인딩 영역을 함께 이용하여 트랜스포머 네트워크를 학습하고 어텐션 스코어를 사용하는 트랜스포머 네트워크를 이용하여 DTI와 바인딩 영역을 예측함으로써 DTI 예측 성능을 높일 수 있는 효과가 있다.