본 발명의 일 실시예에 따른 다중 분자진단 칩 구조는 주입되는 진단대상 시료가 통과할 수 있는 시료통과홀이 형성되고 진단 대상의 특정 핵산에 대한 등온증폭반응 프라이머, 증폭반응효소 및 증폭반응에 따라 형광이 변화하는 지시약을 포함하는 반응용액이 존재하는 복수의 반응 패턴이 형성되어 있는 반응패드, 상기 반응패드의 하면에 배치되며 상기 시료통과홀과 대응되는 위치에 제1시료통과채널이 형성되고 상기 반응 패턴과 대응되는 제2시료통과채널이 형성되어 있는 채널패드 및 상기 채널패드 하면에 배치되며, 상기 시료통과홀로부터 주입되어 상기 제1시료통과채널을 통하여 이송되는 시료를 상기 제2시료통과채널을 통하여 상기 반응 패턴에 이송하는 이송패드를 포함한다.