본 발명은 선택성이 개선된 항균 펩토이드 및 이를 포함하는 항균용 조성물에 관한 것으로, 본 발명에 따른 항균 펩토이드는 인돌고리를 포함하거나, 양이온성 단량체를 도입하거나 또는 곁가지에 이미다졸을 포함하는 서브모노머로 NHis를 포함함으로써 세균에 대해 우수한 항균활성을 보이고 동물의 세포에는 낮은 세포독성을 나타낸다. 따라서, 본 발명의 항균 펩토이드는 세균에 대한 선택성이 개선되었으므로, 항균용 조성물로써 유용하게 사용될 수 있다.