본 발명은 유기 오염물을 처리하면서 바이오가스와 전기를 동시에 생산할 수 있도록 혐기성 소화조 시스템을 미생물 연료전지(Microbial Fuel Cell; MFC) 반응조가 둘러싸고 있는 구조의 하이브리드 미생물 연료전지에 관한 것이다. 본 발명에 따른 하이브리드 미생물 연료전지는 혐기성 소화조를 거쳐 나오는 처리수를 미생물 연료전지 반응조에서 재처리함으로 유기물 처리율이 증대되었으며, 바이오가스와 전기에너지를 동시에 생산할 수 있어, 산업상 유용하게 사용될 수 있다.