본 발명은 미생물 연료전지 분야에 관한 것으로, 보다 구체적으로는 전기적으로 직렬연결 된 복수 개의 단위 셀들이 산화전극부 용액을 공유하지 않도록 구성된 미생물 연료전지 모듈 시스템에 관한 것이다. 본 발명에 따른 미생물 연료전지 모듈 시스템은 복수 개의 단위 셀들이 전기적으로 직렬연결되어 상업적 규모의 전력생산이 가능하면서도, 각각의 개별 단위 셀들 마다 산화전극부가 부여되어 전압 강하 현상이 발생하지 아니하며, 복수 개의 단위 셀들이 산화전극부 용액을 공유하도록 구성됨으로써 미생물 연료전지 모듈 시스템의 설계를 단순화 시킬 수 있는 바, 본 발명의 미생물 연료전지 모듈 시스템은 상업적 규모의 전력을 효율적으로 생산하는데 유용하게 이용될 수 있다.