본 발명은 형광 수명 이미징을 위한 형광 수명 계산 시스템 및 그 방법에 관한 것이다. 본 발명은 시료를 통과한 형광 신호 및 기준 신호를 각각 필터링시키는 필터링부; 필터링된 형광 신호의 제1 중심점과 필터링된 기준 신호의 제2 중심점을 측정하는 중심점 측정부; 및 제1 중심점과 제2 중심점을 비교하여 얻은 시간차를 이용하여 형광 수명을 계산하는 형광 수명 계산부를 포함하는 것을 특징으로 하는 형광 수명 계산 시스템을 제공한다. 본 발명에 따르면, 실시간 형광 수명 이미징이 가능하며, 데이터 수집 속도가 빨라져 빠른 동적 현상 분석이 가능해진다.