본 발명은 미생물 농축 소자를 포함하는 미생물 분리 농축 장치에 관한 것으로, 구체적으로는 몸체; 상기 몸체의 중앙을 관통하여 위치하고, 외측면을 탄성부재가 감싸고 있는 압축기; 상기 압축기 하단에 위치하는 시린지 하우징; 상기 시린지 하우징 하단에 위치하고, 자성에 의하여 미생물을 농축하는 농축 소자를 포함하는 농축 카트리지 및 상기 농축 카트리지를 수용할 수 있는 카트리지 하우징을 포함하는 미생물 분리 농축 장치에 관한 것이다.