다단계 인증을 이용한 차량제어시스템 및 방법이 개시된다. 차량제어시스템은 기 설정된 차량과의 거리가 기 설정된 거리 이내로 접근되면 활성화 모드로 전환하고, 활성화 모드가 되면 사용자의 생체정보를 수집하며, 수집된 생체정보를 기반으로 공개키 및 사용자 개인키를 생성하고, 사용자 개인키를 이용하여 공개키를 전자 서명하는 스마트키 단말 및 전자 서명된 공개키를 수신하면 전자 서명된 공개키를 복호화하고, 복호화된 공개키와 기 저장된 공개키를 비교하여 일치 여부를 확인하며, 두 개의 공개키가 일치하면 제1 인증을 승인하고, 차량의 문이 열리도록 제어하는 차량에 구비된 차량제어장치를 포함한다.