본 발명은 물벼룩의 이동경로를 촬영하는 영상획득수단의 화면을 일정 크기의 격자를 생성하여 활동성을 정량화함에 따라 물벼룩의 정상적 활동과 비정상적 활동을 확연하게 구별하는 것이 가능하여 오류경보를 줄일 수 있는 물벼룩을 이용한 수질독성 감시측정시스템에 관한 것으로, 적어도 한 마리 이상의 물벼룩이 담겨져 있는 수조와, 상기 수조에서 활동하는 물벼룩의 움직임을 관찰 및 촬영하는 영상획득수단와, 상기 영상획득수단으로부터 얻어진 영상정보 중 물벼룩의 움직임을 추출하여 각 개체별로 라벨링하는 영상처리수단과, 상기 물벼룩의 움직임 데이터를 이용하여 물벼룩의 활동성을 정량화한 후 단위시간당 물벼룩의 이동위치와 이동거리를 산출하는 활동성정량화수단과, 상기 물벼룩의 활동성을 정량화한 수치를 이용하여 수질의 오염과 독성여부를 판단하는 판단수단, 및 상기 판단수단의 결과를 이미지, 문자 또는 음성으로 출력하는 출력수단으로 이루어져 있다.