본 발명은 합성 프로토포르피리노겐 옥시다아제(Protoporphyrinogen oxidase) 유전자 및 이를 이용한 식물의 제초제 저항성 증대방법에 관한 것으로서 본 발명은 미생물 유래의 프로토포르피리노겐 옥시다아제 유전자를 아미노산 서열은 변경하지 않고 염기 서열만을 식물이 선호하는 코돈으로 변환시킨 합성 프로토포르피리노겐 옥시다아제 유전자 및 상기 유전자를 식물에 도입함으로써 식물의 제초제 저항성을 증대시키는 방법에 관한 것이다. 또한, 본 발명은 본 발명의 유전자를 제초제 저항성 선발 마커로 사용하여 형질전환된 식물을 선발하는 방법에 관한 것이다. 본 발명의 합성 프로토포르피리노겐 옥시다아제 유전자를 식물에 도입하는 경우 천연 유전자에 비해 식물의 제초제에 대한 저항성을 현저히 증가시키는 효과가 있다. 또한, 본 발명의 합성 유전자는 형질전환 세포주의 선발을 위한 제초제 저항성 선발 마커로서 유용하게 사용될 수 있다. 마이소코쿠스 산투스, 프로토포르피리노겐 옥시다아제, 제초제 저항성