본 발명은 3차원 원통형 반도체 소자 시뮬레이션 시스템 및 방법에 관한 것이다. 상기 시뮬레이션 시스템은, 부분적으로 회전 대칭성이 깨진 3차원 원통형 반도체 소자 구조에 대한 3차원 소자 구조 파일 및 원통형 소자 구조 파일들을 포함하는 복수 개의 소자 구조 파일을 입력받는 소자 구조 파일 입력 모듈; 입력된 복수 개의 소자 구조 파일들 간의 연결 관계를 추출하는 연결 관계 추출 모듈; 상기 소자 구조 파일들의 연결 관계를 이용하여, 소자 구조 파일들의 연결 지점들에 대한 경계 조건을 인가하는 경계 조건 인가 모듈; 복수 개의 소자 구조 파일들 및 소자 구조 파일들의 연결 지점들에 대한 경계 조건을 이용하여, 상기 반도체 소자에 대한 시뮬레이션을 하는 시뮬레이션 모듈;을 구비하여, 하나의 원통형 반도체 소자에 대하여 복수 개의 소자 구조 파일을 이용하여 효율적으로 시뮬레이션할 수 있도록 구성된다.