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2013
개선된 분기한정 알고리즘을 이용한 인간 유전체의일배체형 조합문제 해결 Solving the Haplotype Assembly Problem for Human Using the Improved Branch and Bound Algorithm
한국정보처리학회
최문호, 임형석
논문정보
Publisher
정보처리학회논문지. 소프트웨어 및 데이터 공학
Issue Date
2013-10-31
Keywords
-
Citation
-
Source
-
Journal Title
-
Volume
2
Number
10
Start Page
697
End Page
704
DOI
ISSN
22875905
Abstract
인간의 한쪽 염색체상에 나타나는 SNP의 서열인 일배체형을 식별해내면 효과적인 유전질병 연관검사를 할 수 있다. 주어진 SNP 단편들로부터 계산적인 방법으로 한 쌍의 일배체형을 조합하기 위해 제시된 모델 중 하나인 최소오류수정 모델은 단편에 손실이 없는 경우조차NP-hard임이 증명되었다. 기존의 분기한정 알고리즘은 많은 계산시간을 요구함에 따라 실제 응용에 사용하기 어려웠다. 그러나 최근에 개선된분기한정 알고리즘이 제시되었고, 꿀벌(Apis mellifera)의 유전자형 데이터를 대상으로 성능을 분석해봄으로써 개선된 알고리즘이 기존 분기한정 알고리즘보다 효율적임을 보였다. 본 논문에서는 인간의 유전자형 데이터를 대상으로 개선된 분기한정 알고리즘을 적용해 일배체형 조합문제를 수행한다. 실험을 통한 성능분석 결과, 개선된 분기한정 알고리즘이 인간 유전체에 대해서도 성공적으로 적용됨을 확인함으로써 다양한생명체의 일배체형 조합문제에 적용 가능함을 보인다.

저자 정보

이름 소속
최문호 전산학과
임형석 소프트웨어공학과