본 연구에서는 감사인이 표준감사시간을 산정하고 운용하는 과정에서 피감회사와 감사인의 대리인 문제가 표준감사시간의 운용 행태에 영향을 미칠 것으로 예상하였다. 특히, 규제당국은 대리인 문제를 방지하기 위해 계속감사기간이 장기간 유지되지 않도록 주기적 감사인 지정제를 도입하였으나, 이러한 기대와는 달리 학계에서는 감사인의 계속감사기간과 감사품질 간의 관계에 대해 명확한 결론을 도출하지 못하고 있다. 이는 계속감사기간에 따라 감사인의 독립성과 감사인의 적격성이 상충되기 때문이다. 이러한 이론적 배경에서 본 연구는 피감회사에 대한 계속감사기간의 경과에 따라 감사인의 독립성 및 적격성의 상충 관계로 표준감사시간 제도와 감사품질의 관계가 어떻게 변화하는지 분석하였다. 본 연구는 일반적인 감사계약 주기에 맞추어 1주기(3년), 2주기(4-6년), 3주기(7-9년), 그 이상(10년 이상) 집단별로 재량적 발생액에 대한 표준감사시간 관련 변수의 회귀계수를 관찰하였다. 분석 결과, 감사계약 2주기인 경우에서만 실제감사시간이 표준감사시간을 초과할수록 재량적 발생액 규모를 억제하는 유의한 효과가 관찰되었다. 이러한 현상은 대형회계법인 여부, 계속감사기간 더미변수를 이용한 상호작용효과 분석 결과에서도 일관되게 나타났다. 선행연구에서는 실제 감사투입시간과 표준감사시간의 차이가 감사품질의 대용치와 어떤 관련성이 있는지를 규명하는 데에 초점을 두었으나, 본 연구는 표준감사시간 제도 운용 행태에 있어 감사인의 대리인 문제를 고려하여야 한다는 실증분석 결과를 제시하였다는 점에서 기존 연구와의 차별점이 있다. 본 연구의 결과는 잦은 감사인 교체가 오히려 표준감사시간 제도의 실효성에 부정적인 영향을 미칠 수 있음을 시사하며, 정책 입안자 또는 실무에서 감사인 교체 직후 표준감사시간 제도 운용 및 감사품질이 훼손되지 않도록 대응 방안이 마련되어야 한다는 의미를 내포한다.