본 연구는 영산강 수계 1지점과 섬진강 수계 1지점의 논 유출수 4년간 유량과 수질 모니터링 자료 를 이용하여 원단위 산정방법에 따른 원단위 차이를 비교하였다. 원단위 산정방법은 실측부하량을 이용한 방법, 국립환경과학원의 새로운 원단위 산정 방법(NIER 방법), EMC 확률분포모형 중앙값을 이용한 방 법, 산술평균 EMC와 산술평균 유출율을 이용한 방법을 활용하였다. 원단위 산정방법별 차이를 살펴본 결 과 실측부하량을 이용한 방법과 NIER 방법의 원단위는 서로 비슷한 값을 보였지만, 확률분포모형(Lognormal, Gamma)을 이용한 원단위는 상대적으로 작게 나타났다. 한편 산술평균 EMC와 유출율을 이용 하여 산정된 원단위는 NIER 방법보다 원단위가 크게 산정되는 것으로 나타났다. 또한 NIER 방법의 원단 위는 1995에 조사된 환경부 원단위에 비해 BOD, COD, SS는 큰 값을 T-N은 작은값을, T-P는 비슷한 값을 산정되는 것으로 나타났다.