의료데이터는 잠재적인 가치가 가장 큰 데이터로 각광받고 있고, 정보시스템의 활용에 따른 의료빅데이터 시대가 되고 있다. 의료데이터는 대부분 비정형데이터로 개인의료정보를 포함하고 있다. 개인의료정보의 유출이 빈번하게 발생하고 있고 비정형데이터 관리에 대한 명확한 절차, 가이드라인 부족으로 개인정보처리시스템에 적용할 수 있는 실질적인 연구가 필요한 시점이다. 본 논문에서는 개인정보처리시스템 대상으로 비정형데이터 관리 방안에 대해서 연구하였다. 비정형데이터 분류하기 위해 선제적으로 비 규칙적으로 관리된 데이터들을 속성 별로 그룹화하여 각 폴더에 저장하고, 각 폴더에 저장 개인의료정보를 포함하고 있는 파일들을 대상으로 개인정보, 스캔정도, 비식별 처리 기술 적용 가능 여부 등의 조건들로 판단하여 파일리스트 분류체계를 설계하였다. 설계된 파일리스트 분류체계의 운영을 위한 설문조사를 실시하였고, 이 결과를 바탕으로 비정형데이터를 분류하였다. 이중암호화(비식별 처리 솔루션, 파일암호화 솔루션)와 접근 권한과 암복호화 권한 방식을 결합한 이중 접근 권한 방식을 적용하여, 개인정보처리시스템을 구현하여 통해 개인의료정보를 활용 및 운영할 수 있도록 하였다.