최근 신정부의 원자력발전 관련 정책의 변화 속에서, 한국에서 원자력발전이 유발하는 외부비용을 내부화하기 위해 조세 등을 통한 방식이 과연 어느 정도 효과적으로 이뤄지고 있는지에 대해 살펴볼 필요가 있다. 이에 본 논문은 첫째, 현행 부담금 형식으로 부과되는 원자력 분야 조세체계의 문제점을 살펴보고, 추산한 부담금수준(7.17원kWh)과 기존 연구에서 추산한 원자력발전의 외부비용 수준(1.8~63.7/kWh)을 비교하였다. 둘째, 외부효과의 효과적인 내부화를 위해 부담금 방식보다는 개별소비세, 관세, 부가가치세 등 단위 당 조세를상정하고, 타 에너지원(LNG나 유연탄)과의 형평성을 고려하여 원자력 발전에 조세를 부과할 경우, 최대 조세부담은 19.18원/kWh까지 추산되었다. 각각의 시나리오에서 얻은 조세부담 수준들은 기존 연구에서 추산한원자력발전의 외부비용의 추산범위에 들어간다. 특히 본 논문에서 추산한 개별소비세 부담(유연탄 수준 및LNG 수준)은 일본이나 유럽엽합 국가들의 관련 조세부담에 비하면 비슷하거나 다소 높은 것으로 나타났다.