본 연구에서는 국립수산과학원이 지난 40년간 조사한 적조정보자료를 바탕으로 진해만 적조의 발생 실태를 분석하였고, 또한 지금까지 수행된 타 연구자의 연구성과로부터 진해만 적조의 발생 특징을 고찰하였다. 조사기간 중 진해만에 출현한 적조 원인생물은 Chaetoceros sp.를 비롯한 규조류가 10종, 편모조류가 33종, 황금색조류가 2종, 야광충이 3종, 섬모류가 1종 등, 총 49종으로, 상대적으로 편모조류가 많았다. 진해만 적조의 발생해역은 수심이 얕고 반폐쇄적 정체수역인 소내만(inner bay)이라는 공통점을 가지고 있었다. 특히, 마산만과 행암만은 진해만내에서 발생한 전체 적조의 67%를 점하였다. 그러나, 1990년대 중반 이후 진해만 적조 발생은 현저히 감소하였으며, 이것은 마산만을 비롯한 진해만 전역에 대한 수질개선 노력의 결과로 판단된다. 진해만 적조는 대개 춘계에 최초로 발생하여 하계 또는 늦은 하계에 소멸하였으며, 이것은 진해만에서의 성층의 형성시기 또는 빈산소수괴의 발달과 관련이 있는 것으로 추론되었다. 진해만 적조는 빈산소수괴 발달 및 형성과 밀접한 관련을 가지고 있었으며, 이것은 진해만 저질의 유기 오염이 여전히 개선되지 않았음을 의미하였다. 결론적으로 진해만 적조는 외해수나 소내만을 통한 영양염류의 유입, 그리고 남서부 해역에 밀집한 양식생물로부터 유래하는 유기오염물질에 의한 빈산소수괴의 형성 등에 의해 발생하는 것으로 판단된다.