본 연구에서는 진해만 연구가 지난 40년간 어떻게 변천해 왔는가를 진단, 평가하기 위하여 한국학술지인용색인(KCI) 및 과학인용지수(SCI)에 게재된 80여편의 논문을 분석하였다. 진해만 연구의 주제로서는 적조, 수질과 저질, 해수유동, 저서동물과 어장환경 등이 가장 많이 다루어졌다. 또한 1990년대 이전에는 진해만의 연구가 북부해역에 집중되었으나, 그 이후에는 서부해역 또는 진해만 전역에 집중되었다. 이것은 진해만의 연구 중심이 북부해역에서 양식에 의한 자가 오염이 심각한 서부해역으로 이동하였음을 의미하였다. 한편, 진해만에서의 적조는 발생빈도가 과거에 비해 현저히 감소하였으나, 소내만에서는 여전히 유해성 적조가 발생하고 있는 것으로 나타났다. 따라서 이를 근본적으로 해결하기 위해서는 진해만의 전 해역을 대상으로 한 유해적조생물의 생태학적 조사와 물리적 집적과정, 생물학적 증식과정 등에 대한 학제간의 연구가 필요할 것으로 판단된다. 진해만의 수질과 저질 환경 또한 2000년대에 들어서부터 상당히 개선되어 북부해역에서의 빈산소수괴의 출현빈도는 감소하였다. 그러나 패류양식장이 밀집한 서부 해역에서는 여전히 빈산소수괴의 출현빈도가 높고, 육수나 생활하수 유입의 영향을 계속 받고 있는 것으로 나타났다. 따라서 북부해역과 서부해역에 대한 유기물 오염부하를 억제하여 적조는 물론, 패류 독성이나 빈산소수괴의 발달 등의 제반 환경 문제를 해결할 방안을 시급히 찾아야 할 것으로 생각된다.