볼락은 산업적 잠재가치가 높은 어종으로 각광받으면서 양식 가능성에 대한 연구가 일부 진행되어 왔으나, 장내세균에 대한 연구는 미미한 실정이었다. 본 연구에서는 전남 돌산도 연안에서 채집된 자연산 볼락과 양식산 볼락의 장내세균총의 분포와 이들 세균들의 약제 감수성에 대하여 조사하였다. 두 분류의 볼락에서 분리된 균주의 16S rDNA 염기를 바탕으로 장내세균을 동정한 결과, 양식산 볼락의 장내에서는 Photobacterium group, Acinetobacter group과 marine sediment bacteria group이 우점하고 있었고, 자연산 볼락의 장내에서는 Photobacterium group Acinetobacter group, Bacillus group, Shewanella group, Staphylococcus group 및 marine sediment bacteria group이 우점하고 있었다. 자연산과 양식산 볼락의 장내세균의 약제 감수성 결과로는 본 연구에서 사용된 9종의 항균제 중 oxytetracycline와 oxolinic acid는 자연산과 양식산이 비슷한 수준의 감수성 나타냈으나, flumequine, erythromycin, norfloxacin, gentamycin, ofloxacin, enrofloxacin 및 ciprofloxacin은 평균 저지대에서 양식산 볼락의 장내세균이 자연산 볼락의 장내세균 보다 약간 낮은 감수성을 보였으나, 자연산 볼락의 장내세균 또한 감수성 시험 대조균주로 사용한 E. coli ATCC9637 보다 현저하게 낮은 감수성을 보였다. 이는 양식현장에서 사용되고 있는 항균물질이 자연 서식 어류생물군의 장내 세균에도 영향을 미칠 수 있음을 시사한다.