본 연구에서는 인터섹스 발현을 활용한 이매패류의 생식건강성 평가에 관한 기초자료를 제공하고자 하였다. 여수 인근 해역에서 채집한 굵은줄격판담치 Mytilisepta virgata (n=67, shell height 37.1±8.3 mm)와 바지락 Ruditapes philippinarum (n=288, shell length 28.6±4.2 mm)을 분석하였다. 굵은줄격판담치와 바지락의 성비(암:수)는 각각 1:1.5, 1:0.8이었으며, 채집 지역에 따른 차이를 보였다. 굵은줄격판담치의 전체 인터섹스 발현율은 20.9%였다. 성별 발현율은 암컷이 33.3%, 수컷이 12.5%로 암컷에서 더 높았으며, 지역별 발현율은 소경도 72.7%, 외삼도 20.0%, 중삼도 5.6%로 소경도에서 가장 높았다. 바지락의 전체 인터섹스 발현율은 11.8%였다. 성별 발현율은 암컷이 17.5%, 수컷이 4.7%로 암컷에서 더 높았으며, 지역별 발현율은 능초도 20.0%, 독도 13.0%, 삼도 2.8%, 오란도 5.9%, 외삼도 19.6%로 능초도에서 가장 높았다. 각 채집 지역에서 도시 및 항구와의 거리에 따른 인터섹스의 발현율은 뚜렷한 경향성을 보이지 않았다. 인터섹스 발현 개체의 소화선에서는 소화선세관의 붕괴 및 상피세포 괴사, 소화선세관 내강의 삼출액 및 호산성 과립의 축적, 결합조직의 괴사와 같은 조직학적 구조 변화가 나타났다. 이러한 결과를 통해 오염원의 독성영향평가에 대하여 소화선의 조직학적 구조뿐만 아니라 인터섹스 발현 또한 중요한 생물지표로 사용할 수 있을 것으로 판단된다.