2009년 지방자치법 개정으로 공유수면매립으로 새로이 생겨난 토지에대한 관할의 귀속을 행정안전부장관이 결정하고 이에 불복할 경우 대법원에제소하도록 하였다. 문제는 결정을 위해 준공검사 전에 지방자치단체가 행정안전부장관에게 결정신청을 하도록 규정하고 있는데, 신청이 없이 관할 결정이 된 경우 결정의 효력을 어떻게 볼 것인지와 관련하여 대법원은 지방자치법 제5조 제5항이 준공검사전에 귀속결정을 신청을 하도록 한 취지는, 당연무효인 지적공부 등록이 이루어지는 상황을 예방하려는 데에 있고, 신청이이루어지지 않았다고 하더라도 행정안전부장관의 관할 귀속 결정을 취소하여야 할 위법사유는 아니라고 하였다(대법원 2021. 2. 4. 선고 2015추528 판결). 공유수면법상 매립지에 대한 준공검사와 준공검사 확인을 받으면 소유권을 취득하게 되는데, 준공검사 이후 즉, 소유권취득 후에 관할결정을 하게되면 소유권과 관할권이 각각 달리 귀속할 경우가 발생하고 이는 관할다툼이나 소유권다툼의 원인이 될 수 있다. 또한 지방자치단체간 관할의 문제가 사법상 소유권다툼으로 전개될 소지도 있다. 지방자치법은 명시적으로 준공검사전에 신청을 하도록 규정하고 있고 신청을 받은 행정안전부장관은 신청에따라 관할결정절차를 밟게 된다. 사인의 공법행위에 있어서 신청이 없는 행정청의 행위는 무효라고 보는 것처럼 신청이 없는 관할결정도 무효나 취소로보아야 한다. 이미 결정된 관할을 취소할 경우 발생할 문제와 관련하여 먼저관할귀속결정과 소유권의 취득은 별개의 문제이므로 신청이 없이 준공검사가이루어지고 그 후 관할결정이 있는 경우, 관할결정이 취소된다고 하더라도매립지에 대한 실체적 권리관계에는 영향이 없다. 다음으로 관할결정이 취소되어 다시 신청에 따라 관할결정절차를 밟게 될 경우 관할귀속이 달라질 가능성도 있다. 이 경우 이미 관할결정을 통해 귀속 지방자치단체의 해당 매립지에 대한 제반 권한이 발생하고 이를 토대로 법률관계가 형성되어 이를 무위로 할 경우 발생할 법적 불안정성이 심히 공익을 해할 우려가 있는 경우 사정판결을 할 수도 있을 것이다. 입법론으로는 준공검사 전에 귀속결정을신청하도록 한 현행 규정을 개선하여 행정안전부장관의 귀속결정 후에 준공검사를 하도록 하는 것이 사안과 같은 다툼을 예방할 수 있을 것이다.