본 연구의 목적은 한국의 특수교육보조원제도 운영 상 문제점과 개선방안을 제시하는 것이다. 특수교육보조원제도의 운영상 문제점과 개선방안을 제시하기 위해 연도별 특수교육 통계, 연도별 특수교육연차보고서, 연도별특수교육 운영계획, 장애인 등에 대한 특수교육법 등을 분석하였다. 특수교육보조원제도의 운영 상 문제점은 첫째, 특수교육보조원 역할의 불명확성, 둘째, 교사와 특수교육보조원 간의 협력 부족, 셋째, 특수교육보조원 관리에 대한세부적인 지침 미비 등이며, 이러한 특수교육보조원제도의 운영 상 문제에 대한 개선방안으로 첫째, 특수교육보조원의 구체적인 역할에 대한 법제화, 둘째, 특수교육보조원의 전문능력 향상을 위한 연수제도, 셋째, 특수교육보조원활용 및 관리 방안에 대한 세부적인 지침 개발 등이 요구되고 있다.