본 연구는 능성어 자치어의 골격발달을 관찰하여 분류학적연구의 기초자료로 이용하고자 실시하였다. 자치어는 전남 여수시 거문도에 위치한 해상가두리에서 사육하던 어미로부터채란하여 사육한 것을 대상으로 관찰하였다. 자치어의 사육수온범위는 21.5~24.5°C (평균 23.0±1.5°C)였다. 부화 직후의 난황을 가진 자어는 골화가 전혀 이루어지지 않았고, 평균전장 2.66 mm에 달하면 윗턱을 구성하는 전상악골과 주상악골이 골화되었고, 아래턱을 구성하는 치골이 골화하였으며, 두개골의 기저를 형성하는 부설골이 골화하였다. 새개부를 형성하는 전새개골과 주새개골의 골화가 시작되었다. 꼬리지느러미를 지지하는 미골은 추골과 골편으로 이루어진 미골복합체로 구성된다. 평균 전장 2.59 mm까지는 전혀 골화가 일어나지않았고, 미부봉상골이 45°로 휘어져 있다. 담기골의 골화는 평균 전장 6.12 mm에 첫 번째 혈관간극이 뒷지느러미 2개의 가시와 관절되어 가장 먼저 골화가 시작되고, 신경간극 또한 등지느러미 2개의 가시와 관절되어 골화하기 시작하였으며, 혈관간극과 신경간극은 평균 전장 21.9 mm에 골화가 완료되는개체가 출현하였다.