기정진은 통일적 리가 자기 분화하여 개별적 리가 되고, 개별적 리가 종(種)의 본성이 된다고 주장했다. 이는 통일적 리가 기에 의해 분화된다고 하는 율곡학파의 학설에 대한 비판적 대안이었다. 전우는 율곡학파의 학설에 따라 기정진을 비판하였다. 그에 따르면, 종의 본성은 어디까지나 기의 작용으로 있게 되는 것이었다. 기정진의 제자 정의림은 스승의 학설을 옹호하기 위해 유기체 모델을 채택했다. 하늘과 만물의 관계는 몸과 사지의 관계와 같으므로, 하늘과 만물의 관계는 ‘전체-부분’의 관계의 일종이라고 그는 여겼다. 부분들이 모여 전체를 이루지만 전체가 부분들에 편재하듯이, 만물이 모여 천지를 이루지만 천지는 만물들에 편재한다. 정의림은 이로부터 만물들이 천지와 더불어 ‘본래 있었다.’라는 주장을 끌어냈고, 더 나아가 그 ‘본래 있음’으로부터 만물의 리가 본래 있었다는 주장을 끌어냈다. 따라서 통일적 리가 기에 의해 만물의 리로 분화한 것이 아니라, 만물의 리는 본래부터 존재하여 종의 본성이 되었다는 것이다.