본고는 19세기 후반 호남의 유학자 이기(李沂)와 영남 지역 선교사 로베르(Robert) 신부 사이에 있었던 천주교에 대한 비판과 옹호 논쟁을 살펴보고, 이를 통해 선교 자유 시기로 접어들면서 변화된 척사-호교 논쟁의 양상과 특성을 탐색하였다. 이기의 천주교 비판은 유학자로서 유교 성리학의 세계관에 입각하여 천주교를 비판한 것으로, 18세기 후반 이래로 조선에서 지속된 서학-천주교 비판과 그 결을 같이 하고 있다. 아울러 로베르 신부의 천주교 옹호 논리 역시 종래 동아시아의 여러 한문서학서에서 엿볼 수 있는 원론적인 수준의 답변이었다. 하지만 박해의 시기가 지나고 한불조약으로 인해 선교 활동이 용인되는 국면에서 논쟁을 대하는 천주교회 측의 태도는 크게 달라져 있었다. 로베르 신부는 이전 시대의 낡은 배척 논리를 답습하며 천주교를 비난하는 유학자 이기에 대한 조롱과 멸시의 모습을 보이고 있다. 한편, 이기는 조선에서 결단코 천주교를 금지시켜야 한다고 주장하고 있지만, 그 방법은 이전 시기 유학자들과는 달랐다. 이기는 기존의 박해나 처벌 같은 강경 대응 방식과는 달리, 천주교를 조선의 제도적 틀에 의해 규제하면서 동시에 사람들에게 천주교를 자유롭게 믿게 하자고 주장하였다. 이기는 유교적 가치나 조선의 전통적 생활 원리가 천주교와 서양보다 훨씬 우월하다고 생각하였기 때문에, 천주교를 금지하지 않는 것이 오히려 천주교를 금지하는 방법이 될 수 있다고 확신하였다.