교육재정에서 특별교부금은 보통교부금의 3%에 해당하는 재원으로 국가시책사업, 지역교육현안사업, 재해대책사업을 위하여 시?도의 교육행정기관의 장에게 교부하는 재원이다. 2016년도를 기준으로 그 규모는 1조여 원에 달하지만 국회나 외부 기관의 통제나 사전 승인 없이 배분되어 왔기 때문에 사회 각계에서 투명성과 공평성에 대한 지속적인 비판과 의문을 받아 왔다. 그동안 학계에서는 특별교부금 제도와 관련한 선행연구가 다수 있었지만, 제도의 단순 소개이거나 일반적인 개선안 제시의 수준을 크게 벗어나지 못한 측면이 있다. 본 연구는 특별교부금 배분에 있어서 정치성 요인과 합리성 요인이 어떠한 영향을 미쳤는지를 통합모델을 구축하여 분석한다. 분석 대상은 17개 시?도교육청으로 특별교부금 배분액 총액을 포함하여 5개년(2012년도부터 2016년) 패널 자료이다. 분석결과에서 특별교부금 배분에 영향을 미치는 정치성 요인은 교육감 성향, 국회 지역구의원 예결위원 수, 교문위원 수가 통계적으로 유의한 영향관계에 있는 것으로 나타났다. 합리성 요인은 학생 수, 시?도교육청 평가결과 등급(행정, 재정), 학교 수, 기관수, 광역시?도 지역 구분이 통계적으로 유의한 영향관계에 있는 것으로 나타났다.