국고보조금은 국가적 이해관계 또는 중앙정부와 지방정부 사이의 이해관계가 있는 특정 사업들을 대상으로 중앙정부가 자금의 용도를 정하여 지방정부에 교부한다. 지방재정지출에 있어 국고보조금의 효과를 분석한 다수의 연구는 국고보조금을 배분하는 기준과 방식으로 인하여 국고보조금이 지방자치단체의 부담을 가중시키고 오히려 지방재정의 격차와 불균형을 심화시키는 역기능이 있음을 실증적으로 보여주고 있다. 따라서 본 연구에서는 지방자치단체의 R&D 국고보조금의 배분에 영향을 미치는 요인들을 공급자 요인, 사회?인구학적 요인, 정치?제도적 요인으로 구분하여 분석한다. 분석결과 지역 연구개발의 사업비 변동 폭이 큰 지역에 비추어 볼 때, 지방자치단체의 R&D 국고보조사업에 대해서 국비보조가 끊길 경우 순수 지방비사업으로 대체해서 계속 수행할 가능성이 낮다는 것을 알 수 있었다. 따라서 지역 연구개발사업과 관련된 국고보조금은 보조금에 대한 의존도를 줄이고 안정적인 자체재원을 확보하는 방안을 모색할 필요가 있는 것으로 나타났다.