본 연구에서는 이공계 대학원생들의 지도교수와의 작업동맹과 우울 간의 관계를 살펴보고, 이 관계에서 공학전문가 목표인식의 매개효과를 구조방정식을 통해 검증하고자 하였다. 우울에 대한 취약성에는 개인차가 있고, 이 개인차를 설명하는 중요한 변인의 하나가 가족환경 스트레스이기에 연구모형에서 가족환경 스트레스를 우울에 대한 통제변인으로 설정하였다. 본 연구의 참여자는 경상북도 소재 연구중심 공학대학의 대학원생 210명(남자 67.2%, 여자 32.8%)이다. 연구결과, 지도교수와의 작업동맹이 낮을수록 대학원생의 우울이 높은 것으로 나타났다. 또한 공학전문가 목표인식은 지도교수와의 작업동맹과 대학원생 우울 간의 관계를 부분매개하는 것으로 나타났다. 가족환경 스트레스는 지도교수와의 작업 동맹과 부적 관련이 있고 우울에는 정적 영향을 주었다. 본 연구결과는 대학원생들이 지도교수와의 관계를 잘 맺을 수 있도록 돕는 것, 전공에 대한 분명한 목표인식을 갖도록 돕는 것이 대학원생들의 우울을 예방하는데 도움이 됨을 시사한다. 본 연구는 지도교수와의 관계의 질이 대학원생들의 심리적 건강 및 전문가적 발달에 영향을 줌을 실증적으로 밝혔다는데 의의가 있다.