동복호 유역의 오염 배출부하량은 2017년 기준으로 BOD 893.4 kg/일, T-N 729.3 kg/일, T-P 55.9 kg/일로 산정되었다. 오염원별로는 토지계와 축산계가 가장 많은 양을 차지하였으나, 생활계 점오염원이 차지하는 비율도 BOD 기준으로12.4%였고 이는 거의 대부분이 하수미처리구역에서 발생하는 것으로 나타났다. 동복호 유역에 설치·운영 중인 공공하수처리시설은 34개소가 있으며, 이들에 의한 수질오염물질 처리효율은 BOD 90.6%, T-N 53.9%, T-P 58.7%로 나타났고 이에 따라 공공하수처리시설들을 거쳐 방류되는 오염부하량은 총 점배출부하량 중에서 BOD 1.0%, T-N 13.2%, T-P 12.3% 를 차지하고 있다. 한편, 동복호 유역에는 총 7개소의 비점오염저감시설(인공습지)이 있으며, 강우시 인공습지 평균 제거효율은 BOD 2.8%, COD -14.9%, SS 71.7%, T-N 42.5%, T-P 22.1%로 나타났으며, 이 시설의 설치·운영에 따른 평상시(비강우시)의 수질개선 기여율은 BOD -1.5%, T-N 3.0%, T-P 0.4%로 매우 낮은 것으로 나타났다.