제주 바다목장 해역의 식물플랑크톤 군집의 시ㆍ공간적 분포특성을 파악하기 위해 8개 정점의 표층과 10m 수심에서 2008년 4월부터 11월까지 4회 현장조사를 실시하였다. 식물플랑크톤 출현종은 63속 106종으로 다양하였다. 분류군별은규조류가 61.3%, 와편모조류가 34.9%를 차지하였고, 시간적으로는 가을에 다양한 종이 출현하였다. 식물플랑크톤 현존량은 여름 0.6 cellsㆍmL-1에서 봄 64.0 cellsㆍmL-1의 범위로 매우 낮았다. 평균 세포밀도에 의한 연변동은 연평균 최저 11월0.9 cellsㆍmL-1에서 최고 4월 37.0 cellsㆍmL-1로 변화하여 연평균 11.7cellsㆍmL-1의 낮은 세포밀도를 나타내었다. 우점종은4월에 Skeletonema costatum-like species(ls)에 의해 극우점되었다. 6월은 Torodinium teredo, Cylindrotheca closterium, Scrippsiella trochoidea, 9월은 S. costatum?ls, Thalassionema nitzschioides, Pseudo-nitzschia pungens, Ebria tripartita 그리고11월은 Corethron pennatum, Dictyocha fibura, Neoceratium teres가 우점 출현하여, 기존 결과와는 다른 결과를 나타내었다. 생태지수 중에 종 다양성 지수는 4월과 9월에 낮고 6월과 11월에 높았다. 식물플랑크톤 군집으로 본 제주 바다목장 해역의생물해양학적 특성은 연간 크기가 작은 나노플랑크톤에 의한 점유률이 높았고, 특정 종에 의해 극우점되는 외부 영양염류유입보다는 생태내의 물질순환에 따른 재생산비율이 높은 것으로 판단되었다.