우리사회에 대한 NGO의 긍정적인 역할에도 불구하고, NGO와 정부의 관계에 있어 많은 논란거리가 발생하고 있다. 본 연구는 NGO와 정부간 관계 중 재정적인 관계에서 발생하는 문제 - 국고보조금의 배분을 둘러싼 문제, 국고보조금 사용 후 정산과 관련하여 부실회계처리 혹은 횡령 등의 문제점, 정부에 의한 NGO 통제가능성 등 - 에 연구의 초점을 맞춘다. 구체적으로 본 논문은 간단한 게임이론적 모형을 활용하여 현행 NGO 관련 지원제도의 문제점을 살펴보고 개선책을 제시한다. 구체적으로 이 논문은 (1) 정부(관료)에 의한 국고보조금을 미끼로 사용하거나 국고보조금 지급 후 그 사후관리로 위협함으로써 NGO를 통제할 가능성과 이러한 우려를 불식할 수 있는 방안과 (2) NGO의 도덕적 해이 문제를 방지하는 방안의 두 가지 문제를 탐구한다. 이러한 이론적 논의를 통하여 현 국고보조금 지원체제 안에서의 몇 가지 개선사항을 제시하고, 보다 근본적으로는 정부에 의한 회계감사가 없는 대신에 투명성에 의한 자율규제 시스템이 필요함을 역설한다.