이제마의 사상의학은 유학과 한의학에 그 이론적 근거를 두면서도 이들의 논의 방식에서 벗어나 독자적인 이론체계를 이루고 있다. 이 논문의 목적은 사상의학 이론체계가 경험적 관점에서 형성되었다는 가정 하에 이를 검증하고, 그 의도가 무엇인지를 밝히는데 있다. 이를 위해 필자는 음양오행과 사상 개념을 비교 검토한 다음, 사상의 구조와 몸 기능의 작용 측면을 한의학의 형이상학적 관점과 대비되는 관점에서 검토했다. 한의학은 자연현상이 인체에 미치는 영향에 주목하고 이를 음양오행의 상생 상극 개념으로 해명하려고 했다. 반면 이제마는 인간을 자연과의 유기적 관계에서 이해하면서도 성리학의 형이상학적 해명을 벗어나 사상구조 속에 존재하는 경험적 존재임을 검증하려고 했다. 그리고 이러한 경험적 관점에서 인간의 존재 구조와 도덕 문제를 재구성한 다음 질병 치료의 새로운 방법을 모색했다. 이제마의 이러한 해명은 성리학의 형이상학적 전통과 한의학 이론과의 단절을, 그리고 연구와 진료 방법에 있어서는 사변적 방식을 탈피하여 실증적 탐구로 전환을 선언한 것이다. 이러한 의미에서 이제마 사상설의 경험적 구조는 인간의 존재 구조에 대한 새로운 해명이며, 그것은 인간의 질병을 탐구하는 새로운 패러다임을 제공한 것으로 평가할 수 있을 것이다.