돌산진은 여수반도 끝에 위치하던 조선시대 전남 동부지역의 해상 전초기지였다. 태조 3년(1394) 무렵을 전후해서 창설되어 갑오경장 때(1895)의 군제개편으로 폐진되었다. 돌산진이 돌산도가 아닌 여수반도에 자리 잡은 것은 왜구 창궐에 따른 空島政策의 결과였다. 돌산현이 섬을 떠나 왜구를 방어하는 데 유리한 여수반도로 옮겨감으로써, 그곳에 돌산의 명칭을 지닌 수군진이 들어서게 되었던 것이다. 조선초 돌산진은 종4품의 萬戶가 지휘하던 수군진이었다. 그랬다가 돌산도에 방답진이 신설되면서, 종9품의 權管이 주둔하도록 격하되었다. 아울러 그 소속도 수군에서 육군으로 변경되었다. 돌산진이 다시 수군으로 되돌아온 것은 광해군 3년(1611)에 종9품 別將이 지휘하는 召募鎭으로 개편되면서였다. 그와 동시에 공식 명칭도 고돌산진으로 바뀌었다. 고돌산진은 전라좌수영 관하의 蛇渡鎭管 소속이었다. 지휘관인 별장에게는 發兵權이 없었으며, 배정받은 水軍도 부족하여 自募軍으로 보충해야만 하였다. 최하위 서열의 소모진이었다. 그렇지만 보유한 戰船의 숫자나 지휘관의 朔布에서는 만호진과 동등하였다. 훈련과 전시의 편제에서도 고돌산 별장은 만호들과 어깨를 나란히 하였다. 고돌산진의 별장은 군사적인 임무 외에, 稅役의 수취와 같은 일반 행정업무도 담당하였다. 말단의 최소규모 수군진으로서는 감당하기 어려운 부담이었다.