동무 이제마의 사상의학은 유학적 배경에서 출발하면서도 핵심적인 문제들에 있어서 당시 주류적 흐름을 이루고 있던 성리학적 가정들로부터 벗어나 독자적인 체계를 이루고 있다. 이 논문의 주된 목적은 동무의 성정론을 성리학적 관점과 대비적으로 검토함으로써 그의 독창적인 해석 체계와 의도를 밝히는 데 있다. 이를 위해 필자는 주자의 성정론과 동무의 성정론을 대비적으로 검토했다. 주자는 공맹유학을 계승했지만 성정을 이기론이라는 형이상학적 체계 안에서 해명하려고 했다. 반면에 동무는 성정을 몸 중심의 관점에서 해명함으로써 몸 기능으로 주어진 성정을 자각하고 실천하는 실증적 방법을 모색했다. 동무의 이러한 시도는 성리학의 형이상학적 전통과의 단절의 의미하며, 방법론적으로는 사변적 탐구를 벗어나 임상적 경험에 근거한 실증적 탐구에로의 전환을 의미한다. 이러한 측면에서 동무의 성정론은 도덕성의 본성과 구조에 대한 독창적 해명이며, 그것은 인간을 의학이나 과학적 지식과의 접목을 통해 종합적으로 이해하는 새로운 계기를 제공한 것으로 평가될 수 있을 것이다.