의료영상정합에서 픽셀의 명암도 정보 자체를 사용하는 픽셀 속성 기반 정합은 정보이론에서 많이 사용되는 상호정보량이나 우도함수를 이용한 방법들이 많이 사용되고 있다. 본 논문에서는 두 영상으로부터 주어지는 전이확률을 이용하여 정의된 조건부 엔트로피를 정합의 최적화에 대한 새로운 측도로 제안한다. 이 측도는 두 영상의 중첩된 영역에 속하는 각 픽셀의 쌍으로부터 얻어지는 결합 히스토그램으로부터 계산되며, 두 영상이 기하학적으로 완벽하게 일치되어 있는 경우에 최소값을 갖게 된다. 따라서 우리는 단일 모달리티와 다중 모달리티의 뇌 영상에 대하여 우리가 제안하는 개선된 조건부 엔트로피와 기존에 가장 많이 사용되고 있는 상호정보량 측도와 우도함수 측도를 사용한 정합결과를 실험을 통하여 비교분석하고, 제안하는 새로운 측도의 우수한 결과를 제시한다.