배경：혈류 감염에 연관된 사망률은 매우 높기 때문에 환자 치료에 있어서 혈액내 병원균을 신속하게 검출하는 것은 중요하다. 임상 검사실에서 혈액배양에서 다양한 병원균을 검출하기 위한 16S rDNA PCR법의 효율을 평가하였다. 방법：배양 양성 99검체와 배양 음성 122검체로 구성된 총 221개의 혈액배양병을 대상으로 16S rDNA PCR을 시행하여 그 결과를 통상적인 배양법과 비교하였다. 또한 혈액배양병에서 DNA를 추출하기 위한 세 가지 방법 즉proteinase K, triton X-100 및 benzyl alcohol-guanidine을 이용한 추출법들의 효율을 비교하였다. 결과：16S rDNA PCR법은 배양 양성 99개 중 95개(Staphylococcus aureus 12주, coagulase 음성 포도구균 27주, 장구균 10주, 연쇄구균 5주, 그람음성간균 37주, corynebacteria 4주)에서 병원균을 검출하였다. Corynebacteria 2주와 Escherichia coli 1주, S. aureus 1주는 위음성 결과를 보였다. 배양 음성인 122개의 배양병에서 모두 16S rDNA PCR 검사에 음성 결과를 보였다. 배양결과를 기준으로 16S rDNA PCR의 민감도와 특이도, 양성 예측도와 음성 예측도를 산출해보면 각각 96.0%와 100%, 100% 및 96.8%이었다. 세 가지 DNA 추출법 중 benzyl alcohol-guanidine을 이용한 추출법이 가장 효율적이었다. 결론：16S rDNA PCR이 혈액 배양병에서 다양한 병원균들을 검출할 수 있는 신속하고 효율적인 방법이므로 임상 미생물 검사실에서 사용될 잠재력이 크다.