공정거래위원회는 대규모기업집단보다는 비교적 소유·지배구조가 투명한 지주회사 체제를 선호하고 있어 기업집단으로 하여금 지주회사로의 전환을 독려하고 있지만, 이러한 정책이 안정적으로 정착하기 위하여는 지주회사 제도의 문제점을 보완할 필요가 있다. 상법은 단일 회사만을 전제로 하고 있지만, 현실에서는 대다수의 기업들이 지주회사(또는 기업집단)을 이루고 있다는 점에서 문제가 발생한다. 하나로서의 통합된 기업집단 내에 속해있으면서도 지주회사와 종속회사의 이해관계가 일치하지 않을 수 있다. 투자자인 주주는 소속이 지주회사인지, 아니면 종속회사인지에 따라 이해관계가 달라진다. 지주회사의 주주는 주주권의 축소화 현상을 겪게 되고, 종속회사의 주주는 자사의 이익에 반하는 지주회사의 지시를 따라야 하는 상황에 처하는 것이다. 이러한 상황을 타개하기 위하여 현행 상법에서는 기존 제도를 개정하거나 새로운 제도들을 마련하는 등 문제점을 개선하기 위하여 노력하고 있지만, 이들은 개별적인 상황에 맞추어 마련된 것으로 지주회사 또는 기업집단을 전제로 하여 마련된 제도가 아니다보니 총체적인 해결책이라고 보기는 어렵다. 최근까지도 도입이 논의되었던 다중대표소송이나 지주회사 주주의 경영참가권이 인정될 수 있다면 지주회사 주주의 주주권 축소의 문제는 어느 정도 보완이 될 수 있을 것이나, 여전히 지주회사 체제에서의 합리적 이익조정이라는 본질적인 문제가 남는다. 지주회사는 종속회사를 지배하는 것을 목적으로 하지만, 실질적으로는 사실상의 지배력만을 보유하고 제도적인 뒷받침을 받지 못하고 있다. 지주회사는 종속회사에 대하여 법적 근거 없이 사실상 영향력을 행사하기 때문에 문제가 발생한다 하더라도 책임소재도 불분명해진다는 문제가 지적되고 있다. 지주회사에게 지배권을 명시적으로 부여하고, 지배주주의 충실의무이론을 유추적용하여 지주회사에게 일정한 충실의무를 부여한다면 지주회사 체제의 문제점을 어느 정도 보완할 수 있으리라 생각한다.