본 연구는 현행 공정거래위원회의 전속고발권을 재조명하면서, 감사원장 등 3개 기관에 새로 부여된 고발요청권의 성격 및 의무고발요청권 부여현황을 확인하고 의무고발요청권의 개선방향을 살펴보고자 한다. 최근 공정거래법이 개정되어 중소기업청장･조달청장･감사원장에게도 공정거래위원회에 요청하면 의무적으로 고발하는 의무고발요청제도가 도입되었다. 이로 인해 공정거래위원회의 전속고발권이 사실상 무력화됐다는 평가이나, 공정거래위원회의 전속고발권은 공정거래법 위반행위로 인해 피해를 입은 당사자의 고소권과 제3자의 고발권을 배제하는 형태를 유지하고 있고, 여전히 공정거래위원회의 고발을 소송조건으로 하고 있으므로 이를 전속고발권의 폐지로 단정할 수는 없을 것이다. 공정거래위원회의 저조한 고발요청에 따른 차선책으로 현행법이 의무고발요청권을 3개 기관으로 확대하였지만, 이 역시 공정거래위원회가 검찰에 고발하지 않은 사건에 대해서만 해당되어 권한행사는 제한적이다. 따라서 고발요청권을 부여받은 3개 기관은 전담부서의 신설과 전문성을 확보하는 것은 물론, 의무고발요청제도가 실효성이 있도록 처벌수준을 높이는 제도보완과 개선에 노력하여야 할 것이다. 검찰 또한 공정거래위원회가 ‘리니언시’를 적용해 고발하지 않은 업체에 대해서도 고발요청권을 적극 행사하여야 할 것이다. 특히 중소기업 피해가 큰 불공정거래 행위나 거래상 지위를 남용하는 행위에 대해서는 적극적으로 고발 요청을 하여야 할 것이다. 무엇보다도 공정거래법의 적정한 집행과 국민의 권익보호를 위해서는 검찰 및 공정거래위원회간 상호협력이 필요하다.