본고는 고려시대 자은종(慈恩宗)의 성립과 전개 양상을 고찰함으로써, 자은종이 고려불교사에서 수행, 교학, 신앙이 유기적으로 결합된 교단으로서의 역사적 특징을 규명하고자 한다. 자은종은 당나라 규기(窺基)의 유식학을 기반으로 하여 신라 말기태현계의 정토 신앙과 진표계의 실천 불교 전통을 통합하여 형성되었다. 고려 전기에는 왕실 후원을 바탕으로 유가보살계와 계율을중시하며 교단의 기반을 다졌고, 중기에는 해린을 중심으로 법천사와 현화사에서 교세가 확장되었다. 자은종 승려들은 승과를 통해교단 내 영향력을 확보했으며, 대장경 조성에도 참여하였다. 진억의 수정사 결사운동은 자은종의 실천적 성격을 강화하는 계기가 되었고, 고려 결사운동의 시발점이 되었다. 그러나 12세기 후반 이후화엄종과 천태종의 대두, 인주 이씨 가문의 몰락 등으로 자은종의 교세는 위축되었다. 무신정권기 이후에는 조계종과 천태종이 불교계를 주도하였으나, 원 간섭기에는 사경 활동과 아미타·미륵 신앙을 통해 왕실과 원의 후원을 받으며 재부상하였다. 자은종은 수행과 교학, 신앙을 유기적으로 결합하며 시대 변화에 능동적으로 대응한 교단이라 평가할 수 있다.